ESTIMA ハイブリッドは、3代目のフルモデルチェンジに伴い、2005年11月に初代エスティマハイブリッドを生産終了しましたよね。
通常のエスティマと同様に三角窓があり、センターメーターを採用しています。
2005年の東京モーターショーにてコンセプトモデルが発表され、市販仕様はこのコンセプトモデルに準じたデザインで2006年1月16日より市販されました。
先代のような販売店による区別（カローラ店ではエスティマＬ、トヨタ店ではエスティマＴ）がなくなり、車名が「エスティマ」に統一。
エクステリアデザインは2代目の正常進化型だが、ヘッドランプは涙目風のデザインを採用し、より精悍な印象となりました。また、三角窓を継続して採用したほか、全てのピラーをブラックアウトし、ルーフが浮いているようなイメージの「フローティングルーフ」となっています。また、2代目はウィンカーにサイドマーカーを採用していたのですが、3代目ではそれがなくなり、代わりにサイドターンランプが付いたミラーが標準装備となりました。
インテリアデザインはセンターメーターこそ継承したものの、2代目とは打って変わって、直線基調で広がり感のあるデザインとなっています。
エンジンは新開発の2GR-FE型3500cc・V6DOHCの280psと国産ミニバン初の280ps達成でしたが、同年12月21日に発表されたホンダ・エリシオン プレステージは同じ3500cc・V6ではあるが、300psを達成しました。 また、2400cc・直4は従来と同じですが、170ps・22.5kgmとパワーアップ。
シートタイプはこれまで通り7人乗りと8人乗りが設定されるが、3列目シートは2代目のチップアップ式とは異なり、床下収納式となっています。また、7人乗りならスーパーリラックスモードが使えます。
それは3列目のシートを収納した状態で2列目のシートを最後尾までスライドさせれば、まるでリムジンのような広大なスペースが生まれるシートアレンジ。一方の8人乗りには2列目シートにチップアップ機能を備え、床下に収納できる3列目シートを活用して広大な積載スペースを確保することができます。
トランスミッションは3.5リッターV6車がシーケンシャルシフト機能付き6AT、2.4リッター直4車が7速シーケンシャルシフト機能付きSuper CVT-iが採用され、シフトレバーは1・2代目ではコラムシフトとなっていましたが、3代目からはゲートタイプのインパネシフトとしました。
設備ではG-BOOK ALPHA対応のHDDナビゲーション、インテリジェントパーキングアシスト、プリクラッシュセーフティシステム、スマートエントリー＆スタートシステムなどの先進設備を充実。なお、クラウンでも採用されたスマートキー機能付き腕時計・キーインテグレーテッドウォッチがディーラーオプションで設定できます。（MOPナビ480,000～660,000円）
なお、同年6月12日にハイブリッドモデルが追加設定され、エンジンとモーターの合計出力が190馬力となり、先代で不満だった動力性能を今回のモデルチェンジにより解消しています。価格は363～441万円。
2007年4月25日独立行政法人「自動車事故対策機構」より2006年度の自動車アセスメントで自動車アセスメントグランプリを受賞しました。
ラジオ関西では3代目エスティマをラジオカーとして使用しています。